Добрался я наконец до создания связки MC2 и 1С — напрямую, минуя службы и всякие файловые обмены. Решил описать здесь процесс работы с MySQL базой из 1С через ODBC.
   Первое что следует обязательно учесть это версия драйвера, для того чтобы всё корректно работало вам потребуется драйвер версии 3.51 (с драйвером 5-ой версии я пробился пол дня пытаясь хоть чего нибудь добиться, безрезультатно — поменял на предыдущую версию и всё заработало!

Для подключения используем вот такую строчку:

Соединение = "DRIVER=MySQL ODBC 3.51 Driver;Database=inventar_sm;DataSource=roman-book;UID=root;PWD=240580;STMT=set character_set_results=cp1251;"; 
//Это если задаём кодировку соединения (лучше задать);
Соединение = "DRIVER=MySQL ODBC 3.51 Driver;Database=inventar_sm;DataSource=roman-book;UID=root;PWD=240580;";
//Это без задания кодировки.

Что касается кодировки то лучше её конечно задать, но на вставку записей в БД MySQL оно почемуто не влияет, и чтобы корректно всё отрабатывало и не выглядело кракозябриками после отработки скриптов, перед выполнением самих скриптов лучше выполнить вот такой вот скрипт «set names cp1251» в рамках соединения он правильно установит кодировку (так надёжнее).

Для работы с самой базой объявляем объект ADODB.Connection — это соединение с базой.
Для работы с данными можем объявить: ADODB.Recordset — для чтения данных, и ADODB.Command для изменения.
(ADODB.Command — не имеет метода ExecuteScalar, поэтому вместо него придётся обходиться Recordset-ом и с его помощью выбирать данные, хотя возможно я чегото не доглядел).

Итак пример. Выбираем данные из таблицы:

Попытка
Connection = Новый COMОбъект("ADODB.Connection"); 
Connection.Open("DRIVER=MySQL ODBC 3.51 Driver;Database=inventar_sm;DataSource=roman-book;UID=root;PWD=240580;STMT=set character_set_results=cp1251;");

RS = Новый COMОбъект("ADODB.Recordset"); 
RS.CursorType=3;
// Запрос к базе на языке SQL запросов.
RS.ActiveConnection=Connection;
RS.Open("select * from market_users");
//Перемещаем указатель на первую запись.
RS.MoveFirst(); 
Пока RS.EOF()=0 Цикл
    // Обрабатываем значения полей выборки.
    NAM = RS.Fields("NAME").Value;
    Сообщить(NAM);
    // Перемещаем указатель.
    RS.MoveNext();    
КонецЦикла;    
//Закрываем соединения.
RS.Close();
Connection.Close();

Теперь изменяем данные:

Connection = Новый COMОбъект("ADODB.Connection"); 
Connection.Open("DRIVER=MySQL ODBC 3.51 Driver;Database=inventar_sm;DataSource=roman-book;UID=root;PWD=240580;STMT=set character_set_results=cp1251;");

//Устанавливаем кодировку для нашего подключения (дополнительно)...
Command= new COMObject("ADODB.Command"); 
Command.CommandText = "set names cp1251";
Command.ActiveConnection = Connection;
Command.CommandType = 1;
Command.Execute();

//Теперь выполняем скрипт
Command= new COMObject("ADODB.Command"); 
Command.CommandText = "update market_cards set name='Хлебушек бородинский' where articul='123'";
Command.ActiveConnection = Connection;
Command.CommandType = 1;
Command.Execute();

//Закрываем соединение.
Connection.Close();

Вот собственно и всё, нет ничего сложного.